Loď sa počas americkej občianskej vojny zúčastnila v roku 1862 námornej bitky, v ktorej sa stretla s inou opancierovanou loďou Únie - Monitorom. Bola to námorná bitka, ktorá znamenala medzník vo vojnovej taktiky na mori.
"Bolo by neuveriteľným šťastím objaviť ju po všetkých tých rokoch," uviedol Dick Hoffeditz, kurátor Virgínskeho vojnového múzea v meste Newport News.
Nedávny prieskum morského dna pre navrhovanú výstavbu námorného terminálu na rieke Elizabeth priniesol informácie o dvoch vrakoch lodí v tejto oblasti a ďalej uvádza, že existuje možnosť, že môže ísť o časti Virgínie a škunera, ktorý narazil na jej potopený vrak a potopil sa vedľa nej.
Monitor a Virgínia - obe postavené na trupe plachetnice - sa zúčastnili bitky v blízkosti Newport News 9. marca 1862. Bol to prvá bitka opancierovaných drevených lodí, ktorých železné pláty chránili pred delovými guľami. Väčšina historikov tvrdí, že štvorhodinová bitka skončila bez víťaza.
O niečo neskôr, 11. mája 1862 nabehla Virgínia na plytčinu neďaleko ostrova Craney. Po evakuácii posádky loď zapálili, potom nastala explózia zásob pušného prachu v lodnom skale výbušnín.
Dokumenty prezradzujú, že po výbuchu sa z lode odstránili dva parné kotle a časti dreveného trupu. To, čo na lodi zostalo, ešte raz vyhodili do povetria a niektoré jej časti odtiahli do základne námorníctva v Portsmouthe.
Niekoľko častí Virgínie tak prežilo v múzeách, vrátane časti poškodeného brnenia a kormidla v americkom námornom múzeu, kotva a časť lodnej skrutky sú zase vystavené v múzeu konfederácie v Richmonde.
Druhá opancierovaná loď, Monitor, sa potopila vo víchrici na konci roku 1862, keď sa prevrátila a klesla do hĺbky 72 metrov, 25 kilometrov od mesta Hatteras v štáte Severná Karolína.
Spoločný tím vojenského námorníctva a Národnej správy oceánov a atmosféry neskôr vyzdvihol vežičku a ďalšie časti Monitoru. O artefakty z tejto lode sa dodnes stará námorné múzeum v Newport News.
