Ján Cuper je známy aj ako historik, preto trávi veľa času v knižniciach. Dokonca aj jeho súkromnú knižnicu mu mnohí závidia.
Bývalý poslanec HZDS a súčasný Lexov advokát sa okrem politiky a práva venuje aj svojmu veľkému hobby – archeológii. Pre vykopávky pochodil nielen celé Slovensko, ale dostal sa i aj do Afriky. Síce sa o tom veľa nehovorí, ale Cuper bol tým, čo našiel prvý pästný klin na území Slovenska. Na nálezy sa napriek svojej láske ku kameňom vôbec neulakomí – odovzdáva ich archeológom, mnohé sú vystavené v Slovenskom národnom múzeu. Okrem kameňov zbiera aj starožitnosti, ktoré nakupuje najradšej na blších trhoch, má nevídanú zbierku kníh. Mnohí jeho kolegovia už obdivovali Cuperovu bohatú knižnicu a mnohé jeho knihy sú skvosty z antikvariátov. A Oľga Keltošová, dnes už bývalá kolegyňa z HZDS, raz SME povedala: „A Ján Cuper ich, na rozdiel od iných zberateľov kníh, aj všetky prečítal.“
