ánska polícia zatkla Pilipa v piatok asi 400 kilometrov od Havany v meste Ciego de Ávila z dôvodu "porušenia pobytového režimu" a neumožnila mu kontakt s českými úradmi. V Havane, kam kubánske úrady oboch zadržaných previezli, navštívil Pilipa a Bubeníka až v noci zo soboty na nedeľu chargé dďaffaires veľvyslanectva ČR v Havane.
Dôvodom zatknutia mohol byť podľa LN Pilipov kontakt s predstaviteľmi opozície proti prezidentovi Fidelovi Castrovi. Tento predpoklad podporil aj Pilipov kolega z US Vladimír Mlynář, podľa ktorého poslanec navštívil Kubu už niekoľkokrát a "cestoval tam podporovať proticastrovskú opozíciu".
LN v súvislosti so zatknutím Pilipa konštatujú, že Castro sa stal obľúbeným terčom českých politikov a kauza zapadá do dlhej série konfliktných situácií medzi ostrovom slobody a ČR v 90. rokoch. Na záujme niektorých českých politikov o dodržiavanie ľudských práv na Kube sa podpísala ich disidentská minulosť. Otvorene sa na podporu kubánskych disidentov v minulosti postavil prezident Václav Havel i bývalý federálny minister zahraničných vecí Jiří Dienstbier.
Vzťahy medzi ČSFR a Kubou sa zhoršovali od roku 1990 a vyhrotili sa v máji roku 1992, keď na spravodajcu ČSTK (Československej tlačovej kancelárie) Ondřeja Kvašinu zaútočil neznámy muž. Neskôr ho opakovane rovnaký muž zbil na policajnej stanici a stal sa terčom fyzického útoku aj zo strany samotných policajtov.
Trend zhoršovania vzájomných vzťahov viedol v roku 1993 až k zníženiu diplomatického zastúpenia ČR na Kube z úrovne veľvyslanca na chargé dďaffaires. V roku 1996 česká diplomacia protestovala proti vysokým trestom pre predstaviteľov významnej proticastrovskej platformy a v roku 1998 sa ČR po podpise V. Havla pod otvorený list 40 bývalých východoeurópskych disidentov dočkala lavíny protestov Havany.
Najväčšie protesty, na ktorých sa pred českou ambasádou v Havane zúčastnilo až 100.000 ľudí, vyvolal na jar roku 2000 spoločný česko-poľský návrh rezolúcie o porušovaní ľudských práv na Kube. Ten predložili Komisii OSN pre ľudské práva, ktorá ho schválila bez jediného hlasu proti. Protesty Havany sa však Poľsku vyhli, čo poľská tlač zdôvodnila tým, že za prijatie rezolúcie lobovali po celom svete českí diplomati. V apríli 2000 Kuba obvinila českých diplomatov v Havane z podnecovania "podvratnej činnosti" a podpory "vnútornej kontrarevolúcie", uzatvárajú LN.
