Plukovníka Mykolu Protasova odsúdili na trest odňatia slobody na 13 rokov, plukovník Valerij Kostenko a major Oleksandr Popovyč si odsedia 12-ročný trest. Všetkých zatkli v auguste 2005.
Gongadzeho uniesli 16. septembra 2000 a v novembri toho istého roku našli v lese neďaleko Kyjeva jeho telo bez hlavy.
Novinár poukazoval na korupciu v ukrajinských úradoch. Jeho zabitie viedlo k niekoľko mesiacov trvajúcim protestným akciám po tom, ako Mykola Melnyčenko, bývalý osobný strážca vtedajšieho prezidenta Leonida Kučmu, zverejnil audionahrávku rozhovoru osôb plánujúcich vraždu. Jeden z hlasov pripomína hlas exprezidenta Kučmu. Práve toho označuje vdova po Gongadzem za hlavného vinníka.
V súvislosti s vraždou je ešte hľadaný bývalý predstaviteľ ministerstva vnútra Oleksij Pukač, na ktorého vydali medzinárodný zatykač. Pred niekoľkými rokmi Pukač ušiel do Izraela a v súčasnosti figuruje na ukrajinskom zozname najhľadanejších osôb.
Vyšetrovateľom sa nepodarilo vypátrať ľudí, ktorí vraždu nariadili.