Haváriu neprežili ani štyria jeho poradcovia, dvaja ochrankári a dvaja piloti lietadla. Delegácie predstaviteľov Bosny a Macedónska si výročie Trajkovského smrti pripomenú pri pamätníku v obci Bituň neďaleko Mostaru, kde sa lietadlo zrútilo. Spomienková slávnosť sa uskutoční aj pri prezidentovom hrobe na cintoríne v Skopje. Trajkovski sa mal v Mostare zúčastniť na medzinárodnej darcovskej konferencii o Bosne. Haváriu lietadla spôsobil pilot počas chybného pristávacieho manévru na letisku v Mostare.
V roku 1998 sa Boris Trajkovski stal námestníkom ministra zahraničných vecí. Počas kosovskej krízy vyčítal Západu nedostatočnú podporu krajine, zároveň však dokázal so západnými krajinami udržať dobré vzťahy. V kampani pred prezidentskými voľbami v roku 1999, z ktorých vyšiel ako víťaz, sa zasadzoval za oživenie tradičných hodnôt Macedónska a užšiu spoluprácu so susednými krajinami.
