Pri havárii zahynulo 199 ľudí vrátane 12 na zemi. S prepisom záznamu sa v stredu zoznámila komisia vyšetrujúca nehodu. "Spojlery nefungujú. Spomaľ, spomaľ!" kričal jeden z pilotov. "Nemôžem, Bože!" odpovedal ďalší. Posledné slová zneli. "Toč, toč..." Komunikácia dokazuje, že piloti neboli schopní aktivovať spojlery, ktoré slúžia ako aerodynamické brzdy na krídlach lietadla. Stroj sa preto veľkou rýchlosťou rútil mokrou a krátkou pristávacou dráhou letiska Congonhas a zastavila ho až budova na druhej strane diaľnice.
Brazílsky denník Folha de S. Paulo napísal, že aj jedna zo škrtiacich klapiek bola pri pristávaní v opačnej polohe, čo znamená, že lietadlo zrýchľovalo namiesto spomaľovania. Vyšetrovacia komisia túto správu nepotvrdila, no ani nevylúčila. Letecká spoločnosť TAM, ktorej lietadlo patrilo, potvrdila, že stroju nefungoval aj jeden z obracačov ťahu, ktoré tiež slúžia na brzdenie. Piloti si však boli vedomí tohto faktu, ktorý sám o sebe nemal predstavovať veľký problém. Experti sa domnievajú, že zlá poloha škrtiacej klapky mohla zmiasť počítačový systém stroja, ktorý predpokladal, že lietadlo štartuje. Systém v takomto prípade mohol vyradiť spojlery z funkcie.
