Špeciálne jednotky zaútočili na mešitu po neúspešných 11-hodinových vyjednávaniach medzi pakistanskou vládou a radikálnym duchovným a faktickým vodcom mešity Abdulom Rašídom Gházím. Vodca mešity najskôr žiadal možnosť slobodného odchodu z mešity, neskôr navrhol pre seba domáce väzenie.
Ghází, ktorý sa odmietol vzdať a tiež prepustiť ženy a deti, obvinil vládu z "genocídy" a z neochoty riešiť krízu. Vojaci vstúpili do mešity z troch strán, pričom ich podporovali obrnené transportéry. Militanti ozbrojení samopalmi, granátmi a raketometmi sa po štyroch hodinách ťažkého boja zabarikádovali v suteréne mešity, na jej prvom poschodí a v minaretoch. Armáda ich z ampliónov varovala, že ak sa nevzdajú, zomrú. Z opevnenej mešity utiekli desiatky detí a žien a v prestávke medzi bojmi sa vzdalo okolo 50 militantov.
K prvým zrážkam medzi študentmi a políciou došlo 3. júla. Násilie prepuklo po tom, čo niekoľko maskovaných študentov z protalibanskej mešity spustilo streľbu na políciu a polovojenské sily. Po prudkých bojoch armáda zaujala pozície okolo mešity a pristúpila k jej obliehaniu. Mešitu monitorovali bezpečnostné zložky, odkedy jej študenti v januári prevzali kontrolu nad susednou štátnou detskou knižnicou. Napätie sa vyostrilo v júni, keď študenti na krátky čas zadržali sedem čínskych občanov z kliniky akupunktúry. Predstavitelia mešity tvrdili, že klinika bola verejným domom.
Vodcu obkľúčenej mešity Abdula Azíza zadržali v prvých dňoch obliehania chrámu, keď sa pokúšal uniknúť z mešity oblečený v burke. Vedenia mešity sa následne ujal jeho brat Ghází, ktorý sa nechcel vzdať. Niekoľko dní vyhlasoval, že sa nemieni vzdať a radšej zomrie. Podľa jeho slov boli v mešite zásoby munície a potravín na ďalší mesiac. Pakistanská vláda začala cez víkend uvažovať o novej stratégii voči vzbúrencom po získaných dôkazoch, že v mešite sú militanti napojení na al-Kájdu, ktorí prešli kvalitným výcvikom. V sobotu pakistanské bezpečnostné sily vyhodili do vzduchu časť steny objektu. V pondelok sa k radikálnej Červenej mešite vydal tím vyjednávačov pod vedením bývalého pakistanského premiéra Čaudhrího Šudžáta Husajna.
Na 43-ročného Gházího, ktorý vyštudoval koncom 80. rokov minulého storočia históriu, si jeho univerzitný profesor spomína ako na umierneného študenta. "Bol normálnym, umierneným študentom," povedal jeho profesor histórie Najm Kureší z univerzity v Islamabade.
