Prokuratúra ho obviňuje zo sprenevery siedmich miliónov dolárov (cca 230 mil. Sk) v súvislosti s procesmi okolo preklasifikovania zahraničných záväzkov Ekvádoru počas jeho funkčného obdobia v rokoch 2000-2003. Noboa sa z exilu do vlasti vrátil začiatkom apríla po tom, ako vtedajší Najvyšší súd anuloval trestné stíhanie voči jeho osobe.
Vtedajší prezident Lucio Gutiérrez však súd o krátku dobu rozpustil, Gutiérreza zvrhli o niekoľko dní neskôr. Keď sa dostal k moci súčasný prezident Alfredo Palacio, štátna prokuratúra svoju činnosť opäť obnovila a označila zastavenie trestného stíhania za neplatné.
Noboovi obhajcovia kritizovali, že proces voči ich mandantovi je protiústavný, pretože bývalého prezidenta možno obžalovať len pred Najvyšším súdom. Tento súd však Gutiérrez rozpustil a nových sudcov odvtedy nikto nevymenoval.