Nehoda sa stala v Amgasaki - v jednom z predmestí Osaky, keď sa predná časť expresného vlaku s 580 pasažiermi z ešte stále neznámych príčin vykoľajila a narazila na obytný dom.
Vyšetrovanie možnej nedbanlivosti sa sústreďuje na konanie 23-ročného rušňovodiča Rjudžira Takamiho a rýchlosť vlaku v čase nehody. Podľa štátnej televízie NHK sa polícia domnieva, že viedol vlak vyše 100-kilometrovou rýchlosťou v zákrute, kde je povolených 70 kilometrov za hodinu.
Brzdiaci systém tohto vlaku bol podľa expertov staršieho typu a teda sa pri prekročení rýchlosti nedokázali automaticky aktivovať brzdy. Univerzitný profesor Satoru Sone uviedol, že príčin havárie je pravdepodobne viac - zlyhanie bŕzd, poškodené koľajnice a chyba vodiča. Vyšetrovatelia nevylučujú, že sa na koľajniciach mohol nachádzať nejaký neznámy objekt ako napríklad kameň, ktorý mohol prispieť k vykoľajenie vlaku.