Katolíci aj protestanti (rok 2000)
Na Štedrý deň roku 2000 napadli teroristi kostoly v Jakarte a ďalších ôsmich indonézskych mestách. Zomrelo 18 ľudí, ďalšie desiatky sa zranili. Útočníci sa zamerali na katolícke, no aj protestantské kostoly. Zomreli v nich civilisti, ale aj policajti, ktorí sa snažili bomby zneškodniť.
K zodpovednosti sa prihlásila al-Káida a teroristická organizácia Jemaah Islamiyah, ktorá okrem Indonézie pôsobí na Filipínach, v Thajsku aj Singapure. Po útoku polícia zatkla dvoch podozrivých a jeden z nich dostal trest smrti za spoluúčasť na teroristických útokoch, ktoré sa udiali o dva roky neskôr na indonézskom ostrove Bali.
Vianočné útoky na kresťanstvo zarezonovali aj v kultúrnom živote. Indonézska heavymetalová kapela Kekal, známa tým, že verejne deklaruje svoju silnú kresťanskú vieru, zložila o útoku pieseň s názvom Mean Attraction. Hlásajú v nej protiteroristické myšlienky.

Obete 21 národností (rok 2002)
Najsmrteľnejší útok v dejinách Indonézie - tak nazývali médiá útok, ktorý sa udial v októbri roku 2002. Pravdou však je, že väčší útok už krajina po tejto skúsenosti nezažila. Preto by sa pokojne dalo povedať, že zostáva najväčším útokom až dodnes. Zomrelo pri ňom 202 ľudí.
Bomby, ktoré vybuchli na ostrove Bali, zabili prevažne turistov. Najviac obetí bolo austrálskej národnosti, zomreli však aj Briti, Švédi, Nemci a domáci. Dokopy pri útoku zahynuli ľudia 21 národností.
Šlo o tri nastražené bomby. Jednu útočníci pripevnili k autu, druhú vniesol samovražedný útočník do nočného baru v populárnej štvrti, tretiu nastražili neďaleko konzulátu Spojených štátov.
Za útok boli opäť zodpovední členovia teroristickej skupiny Jemaah Islamiyah. V novembri roku 2008 Indonézia troch z nich, ktorí sa k plánovaniu útokov priznali, popravila. Ďalší muž, ktorý mal odpáliť jednu z bômb pomocou mobilného telefónu, zomrel o dva roky neskôr pri prestrelke s políciou v Jakarte.

Protiteroristické zákony neprešli (rok 2003)
Dvanásť mŕtvych a až 150 zranených. Miestom útoku sa stal v auguste roku 2003 luxusný hotel J. W. Marriott v Jakarte, respektíve priestranstvo pred ním.
Indonézska vláda po ňom naliehala na to, aby krajina sprísnila protiteroristické opatrenia. Vládni politici sa domáhali toho, aby krajina nasledovala v protiteroristickej legislatíve príklad Malajzie či Singapuru, občianski aktivisti sa však búrili.
“Skupiny bojovníkov za občianske práva, ale aj politici, reagovali na podnety vlády nahnevane,” píše Reuters. “Predpokladali, že by sa vláda mohla pokúsiť oživiť niektoré zákony podobné tým, aké využíval samovládca Suharto počas tridsiatich rokov svojej železnej vlády, ktorá sa skončila v roku 1998.”

Deti, tínedžeri, dospelí (2003)
K ďalšiemu veľkému útoku došlo v posledný deň toho istého roku, na Silvestra. Bomba, ktorá vybuchla na koncerte v provincii Aceh, zabila 10 ľudí, medzi ktorými bolo aj jednoročné a sedemročné dieťa. Najviac obetí bolo v tínedžerskom veku. Ďalších takmer 50 ľudí utrpelo zranenia.
Očitý svedok Ahmed vtedy pre AFP povedal, že javisko, ktoré stálo na futbalovom ihrisku, sa pri výbuchu značne poškodilo a hudobné nástroje sa okamžite rozpadli. Bomba bola podľa svedkov umiestnená pod pódiom. “Po pár pesničkách sme začuli ohlušujúcu ranu, ľudia spanikárili a bežali,” hovorí Ahmed.
Vláda z útoku upodozrievala skupinu menom Hnutie za slobodný Aceh (GAM), ktorá mala už od jari toho roku konflikty s indonézskymi vojakmi. GAM obvinenia poprela.
Mramor a zlato (rok 2009)
Za posledný veľký útok sa zvyknú označovať udalosti z júla roku 2009. Tie sa odohrali v dvoch luxusných hoteloch - Ritz Carlton, a opät aj v hoteli J.W. Marriott. Zomreli pri nich siedmi ľudia, zranených bolo vyše päťdesiat.
Ako prvý sa odohral výbuch v J.W. Marriott. Záznamy z bezpečnostných kamier ukázali, že pred ôsmou hodinou ráno, kedy hostia raňajkovali v reštaurácii, vošiel do hotelovej lobby muž v čiapke. Ťahal tašku na kolieskach. Nasledoval záblesk, nahrávka pokračuje už len zachytením dymenia. O pár minút neskôr došlo k podobnému útoku aj v druhom hoteli. Neskôr sa našla aj tretia nevybuchnutá bomba v izbe prvého hotela.
Útoky vyzerali tak, že sú prácou skúsených výrobcov bômb, vyjadrili sa experti podľa Wall Street Journalu. Vyšetrovanie sa preto sústredilo na také teroristické skupiny, ktoré sú pri práci s výbušninami považované za odborníkov.
Skúmanie nevybuchnutej bomby dokázalo, že použité materiály sa zhodujú s tými, ktoré používa Jemaah Islamiyah.
Ciele si útočníci vybrali symbolicky. Mramorové podlahy, pozlátené stĺpy, drahé autá, ktoré parkujú v garáži a preslávené reštaurácie v okolí, oba hotely predstavujú novú ekonomickú silu krajiny, jej rast a stále väčšiu príťažlivosť pre investorov. Tak, ako štvrť, v ktorej útočili aj vo štvrtok.