Vatikánske podzemné priestory pozostávajú z niekoľkých častí. Nachádza sa tam vyše 20 z dovedna 164 hrobiek pápežov v bazilike, ktoré sú zoradené v blízkosti hrobu apoštola Petra považovaného cirkvou za prvého pápeža. Svätopeterský chrám bol postavený nad miestom, kde sa podľa cirkevného podania nachádza Petrov hrob. Práve ten je v strede krypty.
Počas archeologických vykopávok v 40. rokoch minulého storočia sa pod bazilikou odkryla celá ulica tvorená hrobmi. Podľa expertov však nie je isté, či tam skutočne pochovali aj apoštola Petra. Ku krypte vedie úzke schodište pod kupolou baziliky a ročne ním zostúpia do podzemia milióny veriacich a turistov z celého sveta.
Jána Pavla II. pochovajú pravdepodobne na miesto po pápežovi Jánovi XXIII., ktorého zabalzamované telo odtiaľ vybrali v roku 2001, pričom sa s prekvapením zistilo, že po 38 rokoch je takmer neporušené. Jeho telesné pozostatky následne mumifikovali a spolu s telami iných pápežov vystavili v presklenej truhle v bazilike.
