13. mája 1981 - Turecký atentátnik Ali Agca postrelil na Námestí sv. Petra v Ríme pápeža vážne do brucha a do ruky a Ján Pavol II. sa musel podrobiť dlhej a náročnej operácii a dlhodobejšej hospitalizácii. Po zlepšení stavu a prepustení z nemocnice pápeža opätovne hospitalizovali 20. júna.
5. augusta 1981 - V dôsledku týchto zranení mu museli urobiť kolostómiu (umelé vyústenie hrubého čreva navonok).
15. júla 1992 - Odstránenie nezhubného nádoru z hrubého čreva.
11. novembra 1993 - Pápežovi operovali pravé plece po tom, ako si ho vykĺbil (a zlomil ramennú jamku), keď schádzal v Ríme zo schodíkov pápežskej stolice a potkol sa.
29. apríla 1994 - Operácia v dôsledku novej zlomeniny, tentoraz hlavy a krčku stehennej kosti, keď sa pápež pošmykol v kúpeľni.
6. októbra 1996 - Pápeža hospitalizovali na klinike Agostina Gemelliho v Ríme, kde sa 8. októbra podrobil operácii slepého čreva.
12. júna 1999 - Ján Pavol II. utrpel vo Varšave pri páde ľahký úraz hlavy a musel sa podrobiť jednoduchej operácii. Podľa lekárov pápežova rozvíjajúca sa Parkinsonova choroba okrem čoraz väčších problémov pri chôdzi zvyšovala aj riziko náhodných pádov. Pontifex Maximus začal byť na svojich cestách pod neustálym dohľadom lekárov.
v roku 2000 - Príznaky Parkinsonovej choroby sa začali naplno prejavovať.
23. septembra 2003 - Kvôli vážnym problémom s črevným traktom pápež takmer podstúpil operáciu. Lekári Svätého Otca zalarmovali rímsku nemocnicu, kde bolo všetko pripravené na stav núdzovej operácie. Nakoniec sa jeho zdravotný stav stabilizoval a operácia a dlhodobejšia hospitalizácia nebola nutná.
31. januára 2005 - Pápež Ján Pavol II. zrušil všetky plánované audiencie pre chrípkové ochorenie. Hovorca Vatikánu Joaquín Navarro-Valls informoval, že pápež dostal chrípku už v nedeľu 30. januára 2005.
1. - 2. februára 2005 - Pápeža Jána Pavla II. hospitalizovali s dýchacími problémami na rímskej klinike Gemelli. Pápež naliehavo potreboval nemocničnú starostlivosť po tom, ako sa jeho zdravotný stav v dôsledku chrípky zhoršil. Chrípku skomplikoval akútny spazmus larynxu (kŕč hrtanu). Hospitalizovaný bol desať dní.
2. februára 2005 Zdravotný stav pápeža, trpiaceho tri dni na chrípku, sa skomplikoval. V dôsledku toho ho previezli na kliniku Gemelli v Ríme. Hospitalizovali ho pre akútne kŕče hrtanu.
10. februára 2005 Pápež opustil rímsku kliniku Gemelli, kde bol od 1. februára hospitalizovaný s ochorením dýchacích ciest, a papamobilom sa vrátil do Vatikánu. Jeho hovorca uviedol, že Ján Pavol II. sa vyliečil z dýchacích problémov a jeho celkový zdravotný stav sa zlepšuje.
24. februára 2005 - Pápež Ján Pavol II. sa vrátil do rímskej polikliniky Gemelli, nakoľko sa u neho opäť objavila chrípka. Informoval o tom Vatikán s tým, že 84-ročného pontifexa previezli do nemocnice o 10.54 h na odborné vyšetrenia. Hospitalizovali ho pre problémy s dýchaním.
- Ešte v ten istý deň sa Svätý Otec podrobil operácii, tracheotómii. Odborníci mu zaviedli dýchaciu trubicu, ktorá mu však sťažovala prehĺtanie.
13. marca 2005 Jána Pavla II. prepustili z rímskej nemocnice Gemelli, kde bol hospitalizovaný 18 dní. Pre problémy s dýchaním sa na klinike podrobil tracheotómii.
20. marca 2005 Pápež, ktorý prvýkrát za 26 rokov svojho pontifikátu v tento deň necelebroval omšu na Kvetnú nedeľu, sa objavil v okne svojho apartmánu vo Vatikáne a pozdravil veriacich na Námestí svätého Petra.
30. marca 2005 V zdravotnom stave Jána Pavla II. došlo k dramatickému zvratu, keď lekári pápežovi zaviedli cez nos do žalúdka trubicu. Cez ňu dostával výživu.
31. marca 2005 Zdravotný stav pápeža Jána Pavla II. sa zhoršil. Lekári museli zasiahnuť v dôsledku znepokojujúco sa znižujúceho krvného tlaku. Pápež mal vysokú horúčku vyvolanú infekciou močových ciest. Lekári nasadili pápežovi vhodné antibiotiká.
- Pápež prijal sviatosť pomazania chorých a zomierajúcich.
1. apríla 2005 Zdravotný stav 84-ročného pápeža Jána Pavla II. je veľmi vážny, došlo k zástave srdca a septickému šoku.
- Rímsky vikár a predseda Konferencie biskupov Talianska, kardinál Camillo Ruini prišiel do Vatikánu. Podľa cirkevného práva má práve on poverenie oznámiť úmrtie pápeža.
