V nedeľňajšom druhom kole komunálnych volieb prišla jeho Strana pracujúcich (PT) o miesto starostu v hospodárskej metropole Sao Paulo. Úradujúca starostka Marta Suplicyová z PT získala iba 45 percent hlasov a bude musieť uvoľniť úrad kandidátovi Strany sociálnej demokracie (PSBD) Josému Serrovi, ktorý dostal 55 percent hlasov. V prezidentských voľbách pred dvoma rokmi Serru, bývalého ministra zdravotníctva, porazil práve da Silva.
PT zvíťazila v 11 z 23 miest, v ktorých postavila svojich kandidátov. Okrem Sao Paula však musela "pustiť" tri ďalšie dôležité mestá. Po 16 rokoch sa skončila jej vláda v Porto Alegre, metropole bohatého štátu Rio Grande do Sul, kde vyhral Jose Fogaca zo Socialistickej ľudovej strany (PPS).
Porážku utrpela PT aj v mestách Belem a Curitiba. Celkom sa voľby konali v 43 mestách a obciach. V prvom kole získala PT 389 mandátov na komunálnej úrovni.
Úspešná bola PT v troch metropolách federálnych štátov - vo Vitorii, Porto Velho a Fortaleze. Od januára 2005 tak ovládne celkovo deväť hlavných miest. PSDB, ktorá v prvom kole neuspela ani v jednej metropole, v druhom kole získala Sao Paulo, Coritibu, Florianópolis Cuiaba a Teresinu.