2001: Bývalý riaditeľ ŽSR Andrej Edgyed podpísal v novembri 2000 zmenky za 600 miliónov dolárov. V texte každej zmenky sa uvádzalo, že železnice sa zaväzujú zaplatiť za zmenku na príkaz vydaný sprostredkovateľskou spoločnosťou Ihak-r, s. r. o., alebo majiteľovi zmenky v deň splatnosti 27. novembra 2001. Keby si podľa analytikov nechal niekto zmenky okamžite preplatiť, mohlo by to železnice položiť na kolená. Dnes sú zmenky skartované. Ich podpis odôvodnil Edgyed ako snahu o oddlženie železníc. Napriek škandálu zostal Edgyed šéfom Železníc SR.
2003: Rozostavanú budovu železníc predali Železnice SR firme Reding za 138 miliónov korún. Nové sídlo niekdajších ŽSR malo vyrásť v Bratislave pod hlavnou železničnou stanicou. Pôvodne to bola 13-metrová jama, ktorej hĺbenie a vybudovanie štyroch podzemných podlaží stálo 66 miliónov. Jama bola terčom kritiky médií, lebo nad ňou mala vyrásť 13-poschodová budova pre vedenie železníc a sto bytov pre železničiarov.
2004: Námestník riaditeľa Železníc SR Štefan Hlinka odišiel spolu so šéfom TASR Petrom Nedavaškom a skupinou podnikateľov na výlet do Dubaja, kam ich pozvala spoločnosť Orange. Železnice voči svojmu námestníkovi nevyvodili žiadnu zodpovednosť - išlo vraj o štandardnú oficiálnu služobnú cestu. Na tejto ceste hrali golf a opaľovali sa.
