Zvyšky tiel samovražedných pilotov sa nachádzajú na vojenskej základni v štáte Delaware. Ich prípadné navrátenie rodinám by mohlo vyvolať vlnu masového nesúhlasu. Hroby únoscov by sa taktiež mohli stať pútnickým miestom pre príslušníkov militantných frakcií islamu.
Identitu tiel únoscov a obetí teroristických útokov skúmajú špecializované lekárske tímy. Pomocou DNA testov by mali vedci postupne identifikovať všetky telá. V niektorých prípadoch pomohli aj tradičné postupy, ako porovnávanie odtlačkov prstov a zubných záznamov.
Odborníci z FBI si dali veľmi záležať najmä pri identifikácii teroristov, keďže takto získané dôkazy veľkou mierou pomôžu pri pátraní po komplicoch a organizátoroch útokov. V súčasnej dobe však vyšetrovatelia zainteresovaní na prípade nevedia, ako ďalej naložiť s ich ostatkami.
