Na základe výsledkov prezidentských volieb vo funkcii nahradil svojho otca Gejdara Alijeva, čím vznikla prvá politická dynastia v bývalej sovietskej republike bohatej na ropu.
Podľa informácií Ústrednej volebnej komisie v Baku Ilham Alijev vo voľbách vyhral s výrazným náskokom nad opozičným kandidátom Isom Gambarom. Domáca opozícia a medzinárodní pozorovatelia však poukázali na neobjektívny priebeh volieb, ktoré sa konali 15. októbra.
Organizácia pre bezpečnosť a spoluprácu v Európe (OBSE) deň po hlasovaní deklarovala, že voľby nespĺňali všetky medzinárodné normy: vyskytli sa prípady roztrhania hlasovacích lístkov, zastrašovania predstaviteľov opozície a došlo k násiliu zo strany polície.
Široko medializovaný bola policajná akcia zo 16. októbra, keď špeciálne jednotky rozohnali zhromaždenie asi 3000 Gambarových prívržencov. O život pritom prišiel jeden demonštrant a najmenej 20 ďalších bolo zranených.
Organizácia Human Rights Watch, ktorá monitoruje dodržiavanie ľudských práv, spochybnila legitímnosť prezidentských volieb v Azerbajdžane v súvislosti s násilnosťami sprevádzajúcimi predvolebnú kampaň hlavného favorita.
4 20 roi pel