SR (MF) a kontrolné orgány. Slovensko totiž bude od vstupu do Európskej únie (EÚ), tak ako aj ostatné členské krajiny, odvádzať finančné prostriedky, tzv. vlastné zdroje spoločenstva do všeobecného rozpočtu únie. V budúcom roku by malo Slovensko odviesť do všeobecného rozpočtu únie 10,74 mld. Sk, v roku 2005 sumu 16,37 mld. Sk a v nasledujúcom roku 16,815 mld. Sk.
Ako vyplýva z návrhu koncepcie systému finančného riadenia vlastných zdrojov ES v SR, colné úrady budú vymeriavať, vyberať a evidovať clo a poľnohospodárske poplatky vyberané pri dovoze tovaru a vybraté prostriedky prevádzať na účet Colného riaditeľstva v ŠP. Pôdohospodárska agentúra bude zabezpečovať výber odvodov z produkcie cukru. Štátna pokladnica bude viesť pre účely finančného riadenia zdrojov ES päť účtov a na zmluvnom základe zabezpečovať zahraničný platobný styk klientov prostredníctvom Národnej banky Slovenska. Kontrolnými orgánmi budú MF, ministerstvo pôdohospodárstva, správy finančnej kontroly a Najvyšší kontrolný úrad SR.
Koncepcia systému finančného riadenia vlastných zdrojov ES z dielne MF vymedzuje právny rámec vlastných zdrojov ES, jednotlivé subjekty zapojené do systému finančného riadenia, ich činnosti a vzájomné väzby, finančné a informačné toky týkajúce sa výberu, sprístupňovania a platenia vlastných zdrojov ES do rozpočtu únie. Zároveň vymedzuje prvky týkajúce sa vzniku podvodov, nezrovnalostí, porušenia rozpočtovej disciplíny, úrokov z omeškania, účtovníctva a archivácie. Finančné toky vlastných zdrojov ES v rámci SR budú rozpočtové a mimorozpočtové. Súčasťou štátneho rozpočtu budú odvody zo zdroja založeného na dani z pridanej hodnoty, zo zdroja založeného na hrubom národnom produkte a podiel na financovaní korekcie Veľkej Británie.
